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A la différence de son père CHARLES QUINT, PHILIPPE II est espagnol d'éducation. A ce titre, il considère que les Flandres doivent être très catholiques et, surtout, financer par l'impôt les guerres menées par le Royaume d'Espagne.
Le Temps des Habsbourg
De ce fait la révolte gronde dès 1560. " L'année des lumières ", pour les Protestants, se place en 1566. Les Prêches des Haies deviennent fréquents ; entre HONDSCHOOTE et KILLEM, la chapelle des Trépassés dédiée à Notre-Dame des Affligés évoque un tel prêche. Le prêche de BOESCHEPE constitue l'un des plus importants. La répression espagnole engendre la violence : les Iconoclastes, "Briseurs d'images", sont traqués par les autorités civiles et ecclésiastiques nommées par le Roi d'Espagne. La répression est menée par le Duc d'ALBE et son Conseil des Troubles, surnommé " Tribunal du Sang ". En 1568 les Comtes d'EGMONT et de HORNES sont exécutés à BRUXELLES tandis que GUILLAUME D'ORANGE, autre noble local, placé à la tête de la révolte s'enfuit vers les Pays-Bas du Nord, véritable citadelle du Protestantisme. Les Gueux de Mer, marins, organisent la résistance en liaison avec les Gueux des Bois ou Boquetaux. Résistances et violences s'exacerbent. En 1576, le nouveau Gouverneur DON JUAN d'AUTRICHE ne peut empêcher la Province de Flandre de s'allier aux autres Provinces contre l'Espagne. En 1579, son successeur, l'habile et modéré FARNESE se concilie à la Paix d'ARRAS les provinces catholiques et francophones de Flandre Gallicante, d'Artois et de Hainaut. Puis il entreprend la reconquête de la Flandre de langue flamande, la Flamingante, non sans difficultés : en 1581, la ville de BAILLEUL demande au Roi d'être déchargée de toutes les responsabilités concernant la publication des placards déclarant rebelles tous les magistrats par suite des derniers évènements locaux, et, en 1582, les Gueux y brûlent l'hôtel de ville et l'église paroissiale.

FARNESE prend YPRES, BRUGES, GAND en 1584, BRUXELLES et ANVERS en 1585. En 1598, lassé, PHILIPPE II fait des Flandres, au sein des Pays-Bas Méridionaux ou Catholiques, un pays gouverné de façon autonome par sa fille ISABELLE mariée au HABSBOURG d'AUTRICHE, l'archiduc ALBERT.
La reconstruction du pays flamand est alors relativement rapide. En 1599, ISABELLE autorise la cité de BAILLEUL à lever une somme de 3.000 florins en rente pour restaurer la halle et le beffroi brûlés dans les derniers troubles. A cette époque, TOURNAI compte 20.000 habitants, LILLE 45.000 et ANVERS 100.000. Economiquement les guerres de la 2e moitié du XVIe siècle ne semblaient d'ailleurs pas avoir tout arrêté : en 1581, BAILLEUL avait obtenu du gouverneur des Pays-Bas au nom du Roi d'Espagne, une autorisation de commercer avec les Provinces rebelles du Nord, en échange d'une aide de 8.000 livres. A LILLE, dans le village - faubourg de WAZEMMES, on utilise de plus en plus la force motrice du moulin à eau, sans négliger comme au village voisin de MOULINS, celle du moulin à vent, ou, comme à ASCQ, celle des chevaux. Dans la cité même, à SAINT-MAURICE, et surtout à SAINT-SAUVEUR, les Saïetteurs et Bourgeteurs sont fort implantés : plus de 40\% des paroissiens de SAINT-SAUVEUR sont alors des Saïetteurs, lesquels, il est vrai, sont souvent des travailleurs immigrés venus d'autres parties des Pays-Bas du Sud ou de France et s'entassent dans des ruelles et courées insalubres et dans des maisons de 8 habitants chacune en moyenne. Dans la campagne flamande, le pays est régulièrement bonifié et remis en valeur, comme en témoigne l'assèchement des MOËRES entre FURNES, BERGUES et HONDSCHOOTE par Wenceslas COEBERGHER, le ministre des travaux des Archiducs.

La trêve de 12 ans conclue en 1609 avec les Pays-Bas du Nord, suivie après 1621 d'un certain modus vivendi entre Pays-Bas du Nord et du Sud, permet également aux HABSBOURG de restaurer la religion catholique en promouvant la Contre Réforme dans les Pays-Bas du Sud. Dès 1562, la fondation de l'Université de DOUAI, en réaction contre les tendances calvinistes de celle de LOUVIN, avait amorcé le mouvement. Désormais, les Capucins, remarquables Frères Prêcheurs, les Oratoriens et les Jésuites s'installent dans tout le pays à BERGUES, DUNKERQUE, CASSEL, BAILLEUL, ARRAS, AIRE, HESDIN, SAINT-OMER, LILLE: le niveau général du clergé s'élève et l'encadrement du peuple flamand devient une réalité. En 1607 les Jésuites arrivent à BAILLEUL, sur des terrains cédés par la ville en accord avec les Archiducs ; en 1629, le produit de l'octroi leur est accordé et en 1624 la ville lève des impôts pour achever la construction de leur couvent avant de leur accorder, en 1651, avec la châtellenie, des rentes et la propriété sur l'usufruit de certaines terres. En 1629, trois échevins bailleulois appellent les Capucins, puis, en 1631, la première pierre de l'église destinée à les accueillir est posée, et, en 1633, le roi d'Espagne amortit un terrain de 80 ares près de la cité, acquis par le Père Provincial des Capucins de Flandre, à l'effet d'y construire un couvent. A LILLE, c'est en 1592 qu'une quinzaine de capucins fortement soutenus par le Magistrat de la cité, viennent prêcher dans la ville. L'évêque d'YPRES vint poser la première pierre de leur église en 1593 et, en 1594, sont bénis le couvent et l'église ; en 1615-1616, sont opérés des agrandissements de leurs locaux. En 1614, s'installent les Hibernois, ou Irlandais, dont l'école reçoit de jeunes Irlandais catholiques persécutés par les Anglais et que l'on prépare à retourner dans leur pays pour le catholiciser.
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